اهداف پژوهشگاه:
1.تامین تمهیدات لازم جهت پاسخگویی مناسب به نیازهای پژوهش-پایه جامعه در حوزه سلامت با تاکید بر تحقیقات پیشگیرانه، طرح های مسئله محور و محصولات دانش بنیان
2.تامین و توسعه زیرساخت های لازم جهت ارتقاء نظام مند و سیستماتیک دانشگاه به نسل های بین المللی بالاتر
3.بهبود وضعیت مدیریت پژوهشکده ها و مراکز تحقیقاتی
4.انسجام و همگرایی برنامه ها و فعالیت های تحقیقاتی حوزه سلامت در سطوح ملی، منطقه ای و استانی
5.تحقق نقشه جامع علمی کشور منطبق با مأموریت‌های پژوهشگاه و اسناد بالادستی
6.توسعه فعالیتهای پژوهشی و آموزشی چندرشته‌ای و میان‌رشته‌ای و تربیت نیروی انسانی محقق در حیطه علوم اعصاب، سلول درمانی، بهداشت آب و مواد غذایی، سرطان، جوانی جمعیت غیره
7.توسعه دانش و به‌کارگیری آخرین یافته‌های علمی در زمینه پیشبرد ماموریتهای ملی برعهده دانشگاه (طرح ملی اعتیاد، طرح ملی خودکشی، طرح ملی اوتیسم، طرح ملی پایش آرسنیک و فلزات سنگین در منابع آب کشور)
8.تثبیت و ارتقاء مرجعیت علمی حوزه سلامت در سطح ملی و بین المللی
9.فعالیت در زمینه تجاری‌سازی دستاوردهای تحقیقات و فناوری پژوهشگاه و انتقال موثر یافته‌های بدست آمده به پژوهشگران جامعه، سیاستگذاران و دیگر ذینفعان
