مرکز تحقیقات پزشکی مولکولی به عنوان اولین مرکز تحقیقاتی دانشگاه علوم پزشکی همدان در سال 1386 تاسیس گردید و در تاریخ 1392/2/23 موافقت قطعی را دریافت نمود. این مرکز با بکارگیری نیروهای متخصص ومجرب جهت ارتقاء سطح کیفی سلامت جامعه وگسترش مرزهای دانش با تکیه بر نوآوری وتوسعه گام بر میدارد.مرکز تحقیقات پزشکی مولکولی با فراهم نمودن امکانات  وتجهیزات کافی جهت اعضائ هیئت علمی و دانشجویانشرایط انجام پروژه های تحقیقاتی در زمینه های وابسته را فراهم می آورد.

این مرکز جهت شناسایی اتیولوژی وروش درمانی بیماریها از طریق طراحی،تصویب،مشاوره واجرای پروژه های تحقیقاتی بنیادی- کاربردی گام بر میدارد.