اهداف پژوهشکده مطابق با نیازهای اساسی کشور :
زمینه سازی و ساماندهی طرح های پژوهشی بنیادی، کاربردی و توسعه ای در جنبه های مختلف علوم بهداشتی، پزشکی، درمانی و رشته های وابسته به آن‌ها، فراهم نمودن شرایط برای ارائه خدمات و مشاوره علمی و فنی به اشخاص حقیقی و حقوقی داخل و خارج دانشگاه توسط مراکز تحقیقاتی تابعه، نیاز سنجی اولویت های پژوهشی مراکز تحقیقاتی پژوهشکده و هدایت اجرایی مناسب آن‌ها، مشارکت در برنامه ریزی و اجرای سیاست های دانشگاه در زمینه تربیت دانشجویان پژوهش محور، دوره های کوتاه مدت تخصصی و پذیرش متقاضی فرصت مطالعاتی توسط مراکز تحقیقاتی.
