اهداف پژوهشکده مطابق با نیازهای اساسی کشور :
1. برقراری سیستم مدیریت تحقیقات بنیادی و کاربردی و جامعه نگربا استفاده از فنآوریهای نوین از جمله هوش مصنوعی در زمینه علوم بالینی
2. به کارگیری دانش تولید شده به منظور ارتقای سلامت جامعه
3. بسترسازی و ایجاد زمینه به منظور ایجاد و توسعه فناوری های مبتنی بر پژوهش و توسعه سلامت
4. تعیین اولویت‌های پژوهشی مورد نیاز نظام سلامت در راستای ماموریت پژوهشکده
5. تلاش و همراهی در جهت دستیابی به نقشه جامع علمی کشور و تولید ثروت ملی بر اساس برنامه و نقشه تحقیقات و فناوری پژوهشکده
6. مشارکت و همکاری موثر علمی- آموزشی با کلیه مراکز پژوهشی و آموزشی همکار به منظور پیشگیری از موازی‌کاری و ایجاد هزینه اضافی و بر اساس اولویت تحقیقات بین رشته ای
