در راستای سیاست گذاری‌های کشور در جهت ارتقا کمی و کیفی تحقیقات بالینی در بیمارستان‌ها با هدف ایجاد تصمیم‌گیری مبتنی بر شواهد در اتخاذ  شیوه‌‌های درمانی، مرکز تحقیقات بالینی بیمارستان بعثت  از سال ۱۳۸۵ با سرپرستی آقای دکتر رضوان شروع به فعالیت نمود.  با آغاز به کار این مرکز جلسات شورای پژوهشی با هدف طرح و بررسی پروپوزال های ارائه شده به واحد تحقیقات بیمارستان و همچنین بررسی راهکارهای بهبود کمی و کیفی تحقیقات بالینی در مرکز و افزایش سطح مشارکت پزشکان شاغل در مرکز در حیطه تحقیقات بالینی برگزار گردید.در این مدت این مرکز موفق شد با جلب همکاری اعضاء محترم هیات علمی و داشتن بسترهای مناسب در زمینه تحقیقات و تشکیل شورای پژوهشی متشکل از اساتید محترم هیات علمی و مسئولین بیمارستان، پزشکان عمومی شاغل در مرکز گام‌های موثری را در جهت فعالیت‌های پژوهشی بردارد . در ادامه سرپرستی مرکز به شرح زیر تاکنون ادامه یافته است:

 آقای دکتر مبین از سال 1386-1387

 خانم دکتر اقبالیان از سال 1387-1391

 خانم دکتر هاشمیان از سال 1391-1393

 آقای دکتر جمالپور از سال 1397 - 1393

 آقای دکتر جلیلی سال 1397

 آقای دکتر سلیمی از تاریخ 1397/11/16 تا 1400

 آقای دکتر جلیلی سال1400

این واحد به مساحت 140 متر مربع در طبقه اول بیمارستان کنار بخش‌های NICU و بخش جراحی قرار گرفته است.